Em cada jogo, você irá tomar parte como um Lorde da Guerra, liderando seus exércitos em batalhas contra seus oponentes em uma tentativa de receber uma gloriosa vitória. Enquanto lidera valorosos guerreiros em batalha, você deverá planejar o futuro, estabelecendo-se em planetas antes que as correntes da guerra os consumam em fogo e sangue. Você deverá conquistar o setor de Traxis com a força das armas, pois na escuridão sombria do futuro existe apenas a guerra.

Warhammer 40,000: Conquest apresenta sete facções distintas: Space Marines, Guarda Imperial, Orks, Chaos, Dark Eldar, Eldar, e Tau. Cada uma dessas facções possui estilo de jogo único, e uma roda de alinhamento introduz a possibilidade de formar uma aliança entre duas facções.