Marvel Strike Teams coloca os jogadores no papel de alguns dos seus heróis e vilões favoritos do Universo Marvel. Dois a cinco jogadores se enfrentam em uma clássica batalha do bem contra o mal. Todo mundo recebe um personagem com um disco de combate HeroClix para rastrear seu nível e construir pontos. Um jogador é o vilão e é capaz de guiar a direção de cada encontro; o resto são os heróis que controlam um único personagem para a missão e devem trabalhar juntos combinando sua vasta gama de poderes e habilidades para completar vários objetivos, como se infiltrar em um armazém inimigo ou salvar reféns.

Cada herói é único com estilos de jogo individuais, oferecendo aos jogadores várias opções para jogar da maneira que melhor lhes convier. O ambiente também empresta ao jogo, colocando obstáculos no caminho dos jogadores e concedendo-lhes objetos que eles podem usar como armas. Uma caixa de madeira pode bloquear o caminho do Capitão América, mas ele pode pegá-lo e arremessá-lo contra os soldados inimigos da Hidra. Os jogadores rapidamente escolherão o papel que melhor se adequar ao seu time e levarão os heróis à vitória - ou pelo menos eles esperam que sim!

Além de missões independentes, Marvel Strike Teams inclui um jogo baseado em campanha no qual os jogadores podem melhorar seus heróis ao longo de várias missões. Com cenários gerados aleatoriamente, vários blocos de mapas e milhares de possíveis encontros, cada missão parecerá uma nova experiência!