Já se passou muito tempo desde que Cherry “a Boa Mágica” perdeu seu avô na grande batalha mágica que mudaria o mundo de Kawarando para sempre. Desde então, a jovem maga cuida da Floresta Mágica com a ajuda de seu inseparável amigo Ito, um bravo e louco personagem da aldeia dos culopochos. Juntos, eles cuidam das plantações no jardim onde crescem as melhores frutas e legumes obakameshi (alimentos conscientemente evoluídos), e isso não é uma tarefa fácil. Quando chega a época da colheita, eles devem enfrentar os chamados Bad Roots, que não hesitarão em morder os colhedores e tentar comer as outras raízes de obakameshi.

Neste jogo existem 3 tipos de cartas raiz: rabanetes, nabos e cenouras. Embora os 3 sejam diferenciados pelo verso das cartas, eles são embaralhados para formar um baralho único. Depois disso, as 3 primeiras cartas são colocadas viradas para baixo na mesa, e o jogador ativo escolherá qual broto de raiz desenhar (revelar). As raízes obtidas serão colocadas na mesa da esquerda para a direita, formando fileiras de cada tipo de raiz. Se aparecer uma Raiz Ruim, ela deve ser colocada à esquerda da fileira de cartas de seu tipo de raiz. Se o jogador não fizer nada para remover a Raiz Ruim, ele comerá uma raiz de seu tipo no final de cada turno. Se uma segunda Raiz Ruim (não importa de que classe seja) aparecer na mesa do mesmo jogador, eles ambos se devoram. Um personagem misterioso chamado Tomatenstein também aparecerá nas cartas. Quando aparecer, levará todas as Bad Roots que estiverem em jogo diretamente para a área de descarte.

Além disso, cada jogador terá 4 cartas de ação Ito desde o início do jogo. Com eles, eles podem enviar as Bad Roots para as zonas de outros jogadores, eliminá-los ou cancelar a última carta revelada.

Cada raiz coletada tem uma pontuação. Quando as cartas do baralho acabarem, o jogo terminará. O jogador com mais pontos de raiz será o vencedor do jogo.