Em Bone Wars, os jogadores assumem o papel de um paleontólogo no final do século XIX. Durante esse tempo, uma amarga rivalidade foi travada entre Othniel Marsh e Edward Cope, dois paleontólogos de renome mundial. Ambos tentaram superar o outro na descoberta de novas espécies de dinossauros, chegando a subornar trabalhadores, roubar ou mesmo destruir ossos. Os jogadores são paleontólogos trabalhando para um desses homens lendários ou talvez trabalhando por conta própria - tentando superar toda a concorrência.

Durante o jogo, os jogadores devem fazer uso inteligente de suas cartas de ação, que jogam nos slots sob o tabuleiro do jogador. Essas cartas de ação podem ativar sua equipe - desenterrando fósseis e descobrindo novas espécies no campo - ou seu paleontólogo - que gasta seu tempo publicando espécies, desmascarando os artigos de outros jogadores e recebendo prêmios.

As cartas de espécies publicadas são adicionadas aos slots de bônus na parte superior do seu tabuleiro de jogador. Cada carta de espécie adicionada dá um bônus dependendo de quantas cartas de espécie já estão naquele slot específico.

Quando seu paleontólogo publica um artigo, ele é adicionado ao lado de Marsh ou Cope, dependendo de qual lado o jogador está trabalhando. Ações específicas também recompensarão pontos de fidelidade com seu patrono atual. No final do jogo, os jogadores multiplicam o número de lealdade que possuem (tanto com Marsh quanto com Cope) pelos artigos publicados para ganhar VP. Os artigos publicados, portanto, contam para todos os jogadores. Cabe a você fazer com que eles contem o máximo para você.