Blokus Shuffle: Pokémon Edition pega a estratégia clássica de Blokus e mistura um baralho de cartas de ação com tema Pokémon. O objetivo do jogo não mudou - jogue o máximo possível de suas peças no tabuleiro, seguindo a regra de Blokus: cada peça que você jogar deve tocar outra de suas peças apenas no canto. Mas agora cada jogador tem um baralho de cartas de ação Pokémon para ter uma vantagem.

Na sua vez, você jogará uma carta de ação Pokémon, depois jogará sua peça e reabastecerá sua mão. Cada carta apresenta um ataque especial de um Pokémon específico, como Quick Attack, Iron Defense ou Confuse Ray.

Quando ninguém puder jogar mais peças, o jogo termina e o jogador com menos peças não jogadas vence.