Em Alpha Omega, os jogadores assumem os papéis dos comandantes das frotas espaciais Human, Drove e Rhylsh. O jogo apresenta cenários definidos cronologicamente no cenário fictício de um futuro distante: das guerras civis do incipiente império espacial humano, à primeira invasão alienígena pelos Droves e ao confronto e eventual aliança entre os humanos e os Rhylsh.

Os Droves e as facções Human/Rhylsh possuem tecnologias diferentes entre si, afetando a forma como suas unidades se movem e as armas com as quais eles têm para destruir uns aos outros. Ambos os lados podem implantar caças, navios de assalto, contratorpedeiros, porta-aviões, cruzadores de batalha e vários outros navios. As minas podem ser colocadas para defender postos avançados e bases estelares, mas podem ser varridas com vassouras de minas. A carga pode ser capturada e os sensores podem ser bloqueados para ajudar os navios camuflados a se infiltrarem ainda mais.

Cada cenário (batalha) é resolvido da seguinte forma. Na primeira fase, cada jogador anota secretamente o movimento e as ações de suas unidades. As ordens de ambos os lados são então resolvidas simultaneamente nas fases seguintes. Depois que os movimentos e ações são resolvidos, os jogadores repetem o ciclo, tramando secretamente suas ordens e decretando-as abertamente. As ações de combate são resolvidas rolando dados e consultando os efeitos das tabelas. O jogo continua até que a duração do cenário termine ou as Condições de Vitória de um lado sejam atendidas.