Vocês são uma equipe de pesquisadores que trabalham para o Institute for Wildlife Conservation (IWC) e estão prontos para ir até os confins da terra para impedir a extinção de várias espécies. Como representantes da IWC, você participará de missões para pesquisar e proteger a fauna ameaçada de extinção. Cada missão gira em torno de um animal específico, incluindo a coleta de dados sobre animais relacionados, a fim de obter uma melhor compreensão do comportamento, habitat e outras características importantes do animal em estudo.

Animalia: Preventing Extinction é um jogo de cartas cooperativo no qual você tentará, em nome da IWC, realizar pesquisas sobre animais ameaçados de extinção. Ao fazer isso, você também arrecadará fundos que a IWC pode usar para proteger os animais e criar uma conscientização global sobre a situação dos animais. Esses objetivos só podem ser alcançados se você se comunicar bem e trabalhar em equipe.

Cada rodada consiste em uma série de 8 turnos para cada jogador, chamados de truques. A primeira carta de Animal jogada em um truque determina a cor desse truque. Os outros jogadores devem seguir o exemplo jogando uma carta de Animal da mesma cor, se possível. Quem jogar a carta de maior valor na cor de uma vaza ganha essa vaza. Esse jogador move as cartas do truque para sua pilha de truques pessoal, que é mantida virada para baixo ao lado deles. Quando todos os truques são jogados, cada jogador com uma ou mais cartas de Missão deve cumprir sua(s) missão(ões) coletando (em sua pilha de truques) todas as cartas de Animais listadas em sua(s) carta(s) de Missão. Se mesmo uma das missões não for completada com sucesso, os jogadores perdem o jogo imediatamente. No entanto, se as cartas de Missão de todos os jogadores tiverem sido concluídas com sucesso, essas cartas de Missão são colocadas de lado e os jogadores continuam para a próxima rodada.

Animalia: Preventing Extinction também oferece um modo de campanha. O jogo de campanha pode ser jogado no modo solo, para dois jogadores e para três jogadores. Para configuração, selecione quantos e quais continentes você jogará em sequência. Qualquer dinheiro ganho continuará para o próximo continente. Se você falhar a qualquer momento durante a campanha, você não conseguiu concluir a campanha.